Total Commander to popularny program, który zyskał sławę dzięki łatwości obsługi, dużej liczbie wtyczek i obecności unikalnych ustawień, które nie są dostępne w większości innych menedżerów plików. Niemniej jednak Total Commander ma wiele alternatywnych programów, które mają nie mniejszą funkcjonalność i mogą być dobrym zamiennikiem.
FAR Manager
Jedną z najpopularniejszych alternatyw dla Total Commandera jest FAR Manager. Ten program ma podobny zestaw funkcji, ale różni się interfejsem i niektórymi funkcjami. Podobnie jak Total Commander, aplikacja posiada dużą liczbę dostępnych wtyczek, które pomogą poprawić funkcjonalność nawet najbardziej wymagającego użytkownika. Pod względem zestawu opcji FAR nie pozostaje w tyle za swoim odpowiednikiem, jest całkowicie darmowy i jest aktywnie rozwijany przez społeczność programistów. FAR ma podobny dwupanelowy interfejs, zaimplementowany w formacie tekstowym, co sprawia, że menedżer plików jest łatwy w użyciu i szybki w obsłudze nawet na słabych komputerach.
FAR posiada również motywy, a funkcjami programu można w pełni sterować z klawiatury.
FreeCommander
FreeCommander to darmowa alternatywa dla Total Commandera. Podobnie jak jego poprzednik, FreeCommander ma wielojęzyczny, konfigurowalny interfejs i szeroki zakres ustawień. Cechą programu jest możliwość uruchamiania z dysku flash jako wersji przenośnej w dowolnym systemie Windows. Aplikacja jest szybka, ma możliwość przeglądania archiwów zarówno w formacie zwykłego tekstu, jak i szesnastkowym i binarnym. W przeciwieństwie do FAR narzędzie obsługuje funkcję Drag & Drop i może łączyć się ze zdalnymi serwerami FTP. FreeCommander może stać się kompletną alternatywą dla Total Commandera.
Wadą FreeCommandera jest brak systemu modułów oraz możliwość integracji własnych rozszerzeń.
Katalog Opus
Directory Opus to płatny menedżer plików z wielofunkcyjnym interfejsem, który będzie dobrym pomocnikiem podczas pracy z różnymi plikami. Podobnie jak Total Commander, aplikacja posiada wielojęzyczny interfejs, możliwość zmiany wyglądu za pomocą kilku przycisków. Program posiada bardziej zaawansowaną funkcję filtrowania i wyszukiwania plików, jest w stanie synchronizować dane, wyszukiwać duplikaty w systemie. Directory Opus ma dużą liczbę wtyczek, których jednak nie ma tak dużo w porównaniu do FAR czy Total Commandera. Program umożliwia automatyczne aktualizacje i jest dostępny dla 32- i 64-bitowych architektur Windows. Aplikację można również uruchomić z pendrive'a.
Inne alternatywy obejmują aplikację Double Commander z obsługą wtyczek od totalnego dowódcy. Są też Unreal Commander i Speed Commander, które praktycznie powtarzają funkcjonalność Total Commandera, ale mają nieco inny wygląd i drzewo ustawień.